Een zeer beperkt aantal van de pesticiden - ook wel gewasbeschermingsmiddelen genoemd - dat gangbaar gebruikt wordt, is ook toegestaan in de biologische landbouw. Deze, voor biologisch wel toegestane, middelen moeten van natuurlijke oorsprong zijn en worden pas ingezet als andere methoden zoals gewaskeuze, gewasrotatie en mechanische ingrepen (besmettingsbron verwijderen) niet helpen. Voor onkruidbeheersing is geen enkel middel toegestaan, alleen voor bestrijding van ziekten en plagen. Voorbeelden van stoffen die wel gebruikt mogen worden in de biologische landbouw zijn bijvoorbeeld Laminarine dat uit bruinwieren gewonnen wordt en gebruikt tegen schimmels of uienolie ter verjaging van de wortelvlieg, omdat die zorgt voor vlekken op en gangetjes in wortels. Ook de bacterie Bt (Bacillus thuringiensis) wordt in veel verschillende gewassen gebruikt om rupsen te bestrijden. Natuurlijke stoffen betekent niet dat ze onschuldig zijn, anders zouden ze niet werken. Elke in de biologische landbouw toegelaten stof om plagen te bestrijden moet ook een toelating hebben om gebruikt te mogen worden als gewasbeschermingsmiddel.